地球から離れた神秘的な惑星パンドラで幸せな家庭を築いたジェイクとネイティリ。しかし、彼らは古代の脅威によりパンドラから追放されてしまう。やがて彼らは海の部族に助けてもらおうとするが、そこでも人類の脅威が迫っていた。